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2024–至今 中国科学院上海药物研究所 药物发现与设计中心 研究员

2019.09–2024.06 中国科学院深圳先进技术研究院 医药所 副研究员/博导

2014.12–2019.08 匹兹堡大学 博士后 计算与系统生物学

2012.02–2014.07 台湾新竹清华大学 客座博士生 计算生物学

2010.09–2014.09 厦门大学 博士生 化学生物学

2007.09–2010.07 华侨大学 硕士生 生物化学与分子生物学

2002.09–2006.07 华侨大学 本科生 生物工程

从事计算机辅助药物设计和药物化学生物学研究。方法学开发方面，基于第一性原理和数据驱动的AI技术开发小分子药物设计或多肽与蛋白质（酶或抗体）设计所需的算法和软件工具，包括蛋白质动力学分析、药物虚拟筛选与设计、网络药理学分析、酶分子选择与设计等计算方法的开发；应用研究方面，开展药物化学生物学研究，包括药物的作用机制研究、靶标的功能调控机制研究、药物的绿色生物合成等。

1. 开发了粗粒化和多尺度蛋白质动力学行为分析算法、软件，提示了干扰素受体IFNAR、环状蛋白DNA clamp等蛋白质复合物的动力学性质与抗病毒等生物学功能的调控关系；（Nucleic Acids Res 2017；J Mol Bio 2017；Biophysical J 2020）

2. 开发了AI网络药理学、药效团分析等CADD算法和工具，筛选和设计了Protac抗癌药物和PTHR抑制剂等药物分子；（Cancer Discov 2020； Bioinformatics 2020；Pro Sci 2020）

3. 开发了蛋白质序列、结构分析与设计算法和软件，设计了新型抗菌多肽，改造了医药工业用酶。（Bioinformatics 2021； Nat Commun 2022）

1.Tsai Cheng-Yu^#; Salawu Emmanuel^#; Li Hongchun^#; Lin Guan-Yu^#; Kuo Ting-Yu^#; Voon Liyin; Sharma Adarsh; Hu Kai-Di; Cheng Yi-Yun; Sahoo Sobha; Stuart Lutimba; Chen Chih-Wei; Chang Yuan-Yu; Lu Yu-Lin; Ke Simai; Ortiz Christopher Llynard D.; Fang Bai-Shan; Wu Chen-Chi; Lan Chung-Yu; Fu Hua-Wen*; Yang Lee-Wei*. Helical structure motifs made searchable for functional peptide design. Nature Communications. 2022. 13(1): 102.

2.Zhang She^#; Krieger James^#; Zhang Yan; Kaya Cihan; Kaynak Burak; Mikulska-Ruminska Karolina; Doruker Pemra; Li Hongchun*; Bahar Ivet*. ProDy 2.0: Increased Scale and Scope after 10 Years of Protein Dynamics Modelling with Python. Bioinformatics. 2021. 37(20): 3657-3659.

3.Song Xinxin^#; Zhou Zhuan^#; Li Hongchun^#; Xue Yifan; Lu Xinghua; Bahar Ivet; Kepp Oliver; Hung Mien-Chie; Kroemer Guido; Wan Yong*. Pharmacologic Suppression of B7-H4 Glycosylation Restores Antitumor Immunity in Immune-Cold Breast Cancers. Cancer Discovery. 2020. 10(12): 1872-1893.

4.Li Hongchun^#; Pei Fen^#; Taylor D Lansing; Bahar Ivet*. QuartataWeb: integrated chemical-protein-pathway mapping for polypharmacology and chemogenomics. Bioinformatics. 2020. 16(12): 3935-3937.

5.Chi Junlong^#; Li Hongchun^#; Zhou Zhuan; Izquierdo-Ferrer Javier; Xue Yifan; Wavelet Cindy M.; Schiltz Gary E.; Zhang Bin; Cristofanilli Massimo; Lu Xinghua; Bahar Ivet; Wan Yong*. A novel strategy to block mitotic progression for targeted therapy. EBioMedicine. 2019. 49: 40-54.

6.Li Hongchun^#; Chang Yuan-Yu^#; Lee Ji Young; Bahar Ivet*; Yang Lee-Wei*. DynOmics: dynamics of structural proteome and beyond. Nucleic Acids Research. 2017. 45(W1): W374-W380.